Е.Дукенбаев родился в 1961 году. Окончил Алматинский сельскохозяйственный институт по экономической специальности.
Трудовую деятельность начал в органах внутренних дел. Работал в бизнес-структурах города Алматы. Возглавлял Алматинский городской департамент малого бизнеса, являлся президентом АО «Алматинский технологический парк», ОЮЛ «Казахстанская ассоциация бизнес-инкубаторов и инновационных центров».
В последнее время работал президентом частного фонда «Содби».