Профессиональную деятельность М.Айнабеков начал рабочим совхоза «Чубартауский» села Эмель-Тау Чубартауского района Семипалатинской области. Прошел все ступени до акима города Семей. С 2007 г. - аким г.Семей.
В последнее время был советником акима Восточно-Казахстанской области.