По словам руководства оздоровительной организации, ураган 2011 года нанес значительный ущерб детскому санаторию «Алатау». Были разрушены кровля здания и служебных помещений, разбиты окна. Дожди, прошедшие в течение последующих трех месяцев, привели в негодность также и внутренние структуры помещения. На территории санатория погибли более 150 деревьев таких, как голубая и тянь-шаньская ели, сосна, береза, дуб, тополь и другие.
Благодаря оперативным действиям Правительства и Министерства здравоохранения Республики Казахстан на проведение капитального строительства санатория были выделены средства. Здание полностью реконструировано, проведено сейсмоусиление, реконструкция позволила получить 600 кв. м дополнительной площади. Закуплено новое оборудование, что позволит расширить возможности бальнеотерапии в оздоровлении детей. Приобретена мебель для детских палат и игровых, обновлен кабинет лечебной физкультуры.
Ежегодно в санатории «Алатау» получают комплексное оздоровление более 1,5 тысячи детей с хроническими заболеваниями органов дыхания, желудочно-кишечного тракта, органов мочевой системы, сахарным диабетом.
С 2013 года восстановительное лечение и реабилитацию будут получать и дети с онкогематологическими патологиями.