Ранее Саят Шаяхметов занимал различные должности в Министерстве образования и науки. С 1999 года - ведущий специалист, с мая по октябрь 2000 года - главный специалист, с января 2001 года - начальник отдела государственных закупок и собственности Департамента экономики и финансов МОН РК. С 2002 года - заместитель директора Департамента бюджета, планирования и финансов МОН РК, сообщает pm.kz.
С сентября 2005 года возглавлял АО «Финансовый центр» МОН РК. С ноября 2010 года - заместитель председателя Комитета по науке МОН РК.