Методика расчета генерального рейтинга базируется на трех составляющих - это оценка качества академических ресурсов вуза, которая составляет 60%, экспертная оценка качества деятельности вузов - 10%, проведение социологического опроса работодателей и государственных органов - 30%. Методология рейтинга одобрена международной группой экспертов по рейтингу (IREG-3) на конференции в Шанхайском университете 2007 году.
По сравнению с методологией предыдущего рейтинга-2008, сокращен ряд индикаторов, которые трудно проверить без выезда экспертов на место. Независимое казахстанское агентство по обеспечению качества образования (НКАОКО) собирало показатели из различных источников: данные, которые представили вузы, информации Министерства образования и науки РК, Центра научно-технической информации, Центра международных программ, на сайтах университетов.
Как отметили представители Агентства, в настоящее время рейтинги чрезвычайно популярны в мире, они являются инструментом повышения качества образования. Поэтому Президент страны в Послании народу Казахстана поставил задачу перед университетами войти в рейтинг лучших университетов мира. Университеты целенаправленно работают в этом направлении, уже есть первые результаты. Однако для абитуриентов и работодателей очень важен национальный рейтинг, т.к. одной из основных целей проведения рейтинга вузов Казахстана является предоставление информации для абитуриентов и их родителей, работодателей, государственных органов, общественных и международных организаций о качестве деятельности казахстанских университетов, стимулирование конкуренции между высшими учебными заведениями.
Лучшим среди многопрофильных университетов стал КазНУ им.аль-Фараби, первенство среди гуманитарно-экономических вузов отдано Академии государственного управления при Президенте РК. В рейтинге медицинских вузов первое место занимает Карагандинский государственный медицинский университет, среди педагогических вузов Казахстана лидирует Казахский национальный педагогический университет им. Абая, среди вузов искусства Казахстана первым в рейтинге стала Казахская национальная консерватория им. Курмангазы.