Канат Алгабекович в 2012 году окончил Южно-Казахстанский гуманитарный институт имени Сапарбаева по специальности «финансы».
Свою карьеру начинал в качестве программиста в 2007 году. Работал бухгалтером в различных организациях.
С 2015 по 2022 годы занимал ряд должностей в органах государственных доходов в городах Шымкент и Астана. Работал главным специалистом управления департамента государственных доходов, главным ревизором инспекции финансового контроля, главным специалистом отдела государственных закупок, экспертом управления рисков, аудита, апелляции и защиты прав, руководителем отдела аудита, заместителем руководителя департамента внутреннего государственного аудита по Алматинской области и области Жетысу.
Начиная с мая 2023 года и до назначения на новую должность работал руководителем службы внутреннего аудита Казахстанского института общественного развития.