Инвестиционные проекты в сфере здравоохранения и образования реализуются со значительным удорожанием. Это связано с некачественной подготовкой администраторами бюджетных программ задания на проектирование, несоблюдением строительных норм и правил. Отклонение от проектных решений при строительстве и включение дополнительных объемов работ в утвержденные проекты также обуславливают рост расходов на инвестиционные проекты. На увеличении стоимости проектов сказываются и нарушения нормативных сроков строительства, а также низкое качество проектно-сметной документации и государственной экспертизы проектов.
При разработке нормативных документов отсутствует мониторинг по ценам на строительные материалы, оборудование и сметам. Так, по данным Агентства по статистике, индекс цен на строительно-монтажные работы и элементы их конструкций c января 2009 года по август 2010 года сохранился на уровне 2008 года. При этом за указанный период по 75 объектам образования в Алматинской, Атырауской, Восточно-Казахстанской, Западно-Казахстанской, Южно-Казахстанской, Жамбылской и Кызылординской областях, в городах Астана и Алматы произошло удорожание сметной стоимости проектов на общую сумму 13,6 млрд. тенге.
Счетный комитет рекомендует Правительству установить ограничения на увеличение сумм заключенных договоров по итогам государственных закупок при отсутствии объективных причин. Министерству образования и науки, Министерству здравоохранения, акимам областей даны рекомендации по повышению эффективности использования средств республиканского бюджета, выделенных на реализацию инвестиционных проектов.
Счетный комитет является высшим органом финансового контроля, непосредственно подчиненным и подотчетным Президенту РК. Осуществляет внешний контроль и оценивает исполнение республиканского бюджета, реализацию государственных программ, стратегических планов центральных государственных органов. Контролирует использование государственных финансовых ресурсов, выделенных субъектам квазигосударственного сектора. Анализирует эффективность использования грантов и активов государства, гарантированных государством займов, а также осуществляет контроль на соответствие использования активов Национального банка.