Дмитрий Малахов родился 27 августа 1974 года в Кокшетау. В 1995 году окончил Алматинскую высшую школу МВД РК, в 2005 году – Университете экономики и финансов им. Рыскулова.
Работал в органах внутренних дел, Антикоррупционной службе и Службе экономических расследований.
С 2004 по 2019 годы - замруководителя департаментов регионального и центрального аппарата Министерства внутренних дел, Финансовой полиции и Нацбюро по противодействию коррупции.
С 2019 по 2020 годы – руководитель Оперативного департамента Комитета по финансовому мониторингу Минфина РК.
В 2020-2022 годы - заместитель председателя Агентства РК по противодействию коррупции.
С 2022 года – первый заместитель.