Ведомство подверглось острой критике руководства страны после крушения 2 июля 2013г. ракеты-носителя «Протон-М». Запущенная с Байконура ракета загорелась на первой минуте полета, после чего упала на землю и взорвалась. Ущерб от катастрофы превысил 4 млрд. руб. Запуски ракет данного типа приостановлены, возобновить их Роскосмос планирует в сентябре 2013г.
В ноябре прошлого года в отставку ушел гендиректор «Российских космических систем» Юрий Урличич. Ранее в том же месяце его уволили с должности главного конструктора ГЛОНАСС. Это решение было принято на следующий день после того, как разразился скандал с хищением средств, выделенных на работу над системой. Сообщалось, что было похищено 6,5 млрд руб.
В связи с неудачами и скандалами вокруг космического ведомства сообщалось о возможной отставке самого В.Поповкина.