Е.Н. Айткенов родился в 1965 году в Майском районе Павлодарской области. Окончил Семипалатинский зоотехническо-ветеринарный институт, по специальности зооинженер.
Трудовую деятельность начал в 1989 году зоотехником, работал ведущим зоотехником районного агропромышленного союза, главным зоотехником совхозов «Спутник» и «Кирова», директором коллективного сельскохозяйственного предприятия Майского района.
С 2000 по 2006 год - исполнительный директор крестьянского хозяйства «Енбек» Качирского района, заместитель начальника Павлодарского районного сельскохозяйственного управления, директор ГКП племенной центр «Песчанский» Качирского района.
С 2006 года до настоящего времени работал акимом Майского района Павлодарской области.